La salida de México implica que los tres cupos que éstos ostentaban quedaran libres en el 2017 por lo que, luego de un análisis exhaustivo de las opciones, El Consejo de la CONMEBOL ha decidido asignar las plazas que libera México de la siguiente manera:

Un cupo otorgado previamente a la Asociación Nacional de Brasil y otro a la Asociación Nacional de Argentina ingresarán directamente a la Fase de Grupos.

Los seis equipos provenientes de las Asociaciones Nacionales de Bolivia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela comenzarán la Copa Libertadores disputando tres llaves de dos equipos cada una a ser definidas por sorteo el 21 de Diciembre 2016 con partidos de ida y vuelta marcados para  el 23 y 27 de Enero 2017. Los equipos de las Asociaciones Miembro se definirán de acuerdo a los siguientes criterios:

Bolivia: Equipo con mejor puntaje de la tabla acumulada 2015/16 no clasificado a Copa Libertadores 2017.

Ecuador: Equipo que haya obtenido el 4° puesto del Campeonato Ecuatoriano 2016.

Paraguay: Equipo con mejor puntaje acumulado de la temporada 2016 no clasificado a Copa Libertadores 2017.

Perú: Equipo mejor ubicado en el torneo Apertura 2016 no clasificado a Copa Libertadores 2017.

Uruguay: Equipo que haya obtenido el mejor puesto del Campeonato Uruguayo Especial 2016 no clasificado a Copa Libertadores 2017.

Venezuela: Equipo con mejor puntaje acumulado de la temporada 2016 no clasificado a Copa Libertadores 2017.

Los tres equipos ganadores de la Fase 1 pasarán a disputar la Fase 2 de la Copa Bridgestone Libertadores 2017, que comenzará el 31 de enero sumándose a los trece equipos ya anteriormente clasificados, totalizando dieciséis equipos (tres equipos ganadores de la Fase 1; dos equipos de Brasil; dos de Chile; dos de Colombia y uno de cada país restante de la CONMEBOL) según los criterios ya publicados el 27 de septiembre de 2016.

De la Fase 2 clasificarán ocho equipos que disputarán entre sí, bajo el sistema "mata-mata" los cuatro cupos restantes para la Fase de Grupos. De los cuatro equipos eliminados, los dos de mejor performance clasificarán a la Fase 2 de la Copa Sudamericana.

"El objetivo de estas reformas es potenciar el fútbol sudamericano por medio de una estrategia integral que permita impulsar aún más el deporte a nivel regional y a la vez generar y reinvertir más valor en pro de su desarrollo. La asignación de estos cupos, nos permitirá fomentar la calidad de los torneos locales de cada país y elevar los estándares de las competiciones continentales para ser más competitivos a nivel global. Además de premiar el mérito deportivo de aquellos equipos que hicieron una buena campaña con la oportunidad de participar en nuestros torneos continentales", explicó Alejandro Domínguez, Presidente de la CONMEBOL